３回戦の結果（１０月７日開催）
| ガイナーレ鳥取 | ０－０（ＰＫ：３－４） | 東京ヴェルディ |
| 川崎フロンターレ | ２－０ | テゲバジャーロ宮崎 |
| サンフレッチェ広島 | ４－０ | いわきＦＣ |
| ファジアーノ岡山 | １－０ | ジェフユナイテッド千葉 |
| アビスパ福岡 | ０－１ | 横浜ＦＣ |
| 横浜Ｆ・マリノス | ２－１ | 京都産業大学 |
| 浦和レッズ | ３－２ | ＲＢ大宮アルディージャ |
| セレッソ大阪 | ２－０ | 鹿児島ユナイテッドＦＣ |
| 清水エスパルス | ２－１ | Ｖ・ファーレン長崎 |
| ＦＣ東京 | ４－０ | 湘南ベルマーレ |
