３回戦の結果（７月１１日開催）
| 川崎フロンターレ | １－１（ＰＫ：４－２） | 水戸ホーリーホック |
| 湘南ベルマーレ | １－１（ＰＫ：４－３） | Ｖ・ファーレン長崎 |
| サガン鳥栖 | ３－１ | 徳島ヴォルティス |
| ヴィッセル神戸 | ６－１ | ジェフユナイテッド千葉 |
| 柏レイソル | １－２ | モンテディオ山形 |
| ＦＣ東京 | ３－１ | アルビレックス新潟 |
| 横浜Ｆ・マリノス | ２－１ | 横浜ＦＣ |
| ベガルタ仙台 | １－０ | 大宮アルディージャ |
| 鹿島アントラーズ | ５－１ | ＦＣ町田ゼルビア |
| サンフレッチェ広島 | － ※延期 | 名古屋グランパス |
| 浦和レッズ | ２－１ | 松本山雅ＦＣ |
| 関西学院大学 | ０－１ | 東京ヴェルディ |
| セレッソ大阪 | ３－０ | ツエーゲン金沢 |
| 清水エスパルス | ０－１ | ヴァンフォーレ甲府 |
| ジュビロ磐田 | ４－１ | レノファ山口ＦＣ |
| 北海道コンサドーレ札幌 | ４－０ | アビスパ福岡 |
