２回戦の結果（９月３日開催）
| ジュビロ磐田 | ２－０ | 神奈川大学 | |
| 湘南ベルマーレ | ６－０ | 山梨学院大学オリオンズ | |
| 徳島ヴォルティス | ２－０ | ギラヴァンツ北九州 | |
| 名古屋グランパス | ０－１ | ＡＣ長野パルセイロ | |
| Ｖ・ファーレン長崎 | １－２ | 横浜ＦＣ | |
| ヴァンフォーレ甲府 | ０－０ | 大分トリニータ |
（ＰＫ：６－７） |
| 清水エスパルス | ３－０ | 水戸ホーリーホック | |
| 鹿島アントラーズ | ３－０ | カターレ富山 | |
| 北海道コンサドーレ札幌 | １－２ | ファジアーノ岡山 | |
| モンテディオ山形 | ５－０ | ザスパクサツ群馬 | |
| アルビレックス新潟 | ５－３ | 関西学院大学 | |
| ロアッソ熊本 | １－５ | 東京ヴェルディ | |
| 柏レイソル | ５－２ | 奈良クラブ | |
| カマタマーレ讃岐 | ０－２ | 愛媛ＦＣ | |
| ベガルタ仙台 | ２－５ | グルージャ盛岡 | |
| 松本山雅ＦＣ | １－２ | Ｈｏｎｄａ ＦＣ | |
| 川崎フロンターレ | ３－１ | ブラウブリッツ秋田 | |
| ジェフユナイテッド千葉 | ２－０ | ツエーゲン金沢 | |
| サガン鳥栖 | ３－１ | ＦＣ琉球 | |
| セレッソ大阪 | ２－１ | 京都サンガF.C. |
