３回戦の結果（１０月１４日開催）
| 大分トリニータ | ０ | ― | １ | 横浜F・マリノス | （ＥＸ） |
| 鹿島アントラーズ | ０ | ― | ０ | 水戸ホーリーホック | （ＰＫ２－３） |
| ヴァンフォーレ甲府 | １ | ― | ０ | 愛媛ＦＣ | |
| サガン鳥栖 | ０ | ― | ０ | コンサドーレ札幌 | （ＰＫ２－１） |
| アルビレックス新潟 | １ | ― | ２ | 徳島ヴォルティス | |
| 藤枝ＭＹＦＣ | １ | ― | ２ | モンテディオ山形 | |
| サンフレッチェ広島 | １ | ― | ０ | ロアッソ熊本 | |
| ＦＣ町田ゼルビア | ２ | ― | ０ | アビスパ福岡 | |
| ベガルタ仙台 | ０ | ― | ０ | 大宮アルディージャ | （ＰＫ４－３） |
| 川崎フロンターレ | ３ | ― | ０ | 京都サンガF.C. | |
| ヴィッセル神戸 | １ | ― | ０ | ジェフユナイテッド千葉 |
