２回戦の結果（９月５、６日開催）
| 湘南ベルマーレ | ４ | ― | ３ | 桐蔭横浜大学 | |
| 松本山雅ＦＣ | ２ | ― | １ | ツエーゲン金沢 | |
| 大分トリニータ | ３ | ― | ０ | Ｖ・ファーレン長崎 | |
| 横浜Ｆ・マリノス | （中止） | ＭＩＯびわこ滋賀 | |||
| 水戸ホーリーホック | ２ | ― | １ | ギラヴァンツ北九州 | |
| ヴァンフォーレ甲府 | ３ | ― | ２ | 順天堂大学 | |
| ＦＣ大阪 | ２ | ― | ３ | 愛媛ＦＣ | （ＥＸ） |
| サガン鳥栖 | ４ | ― | ０ | ヴェルスパ大分 | |
| コンサドーレ札幌 | １ | ― | ０ | 横浜ＦＣ | |
| 徳島ヴォルティス | １ | ― | ０ | ＦＣ岐阜SECOND | |
| モンテディオ山形 | ３ | ― | １ | カマタマーレ讃岐 | |
| サンフレッチェ広島 | ８ | ― | ０ | 広島経済大学 | |
| ジュビロ磐田 | ０ | ― | １ | アビスパ福岡 | |
| ベガルタ仙台 | ３ | ― | ２ | 仙台大学 | |
| 大宮アルディージャ | ３ | ― | １ | 東京ヴェルディ | |
| 川崎フロンターレ | ３ | ― | ０ | 松江シティＦＣ | |
| 京都サンガF.C. | ４ | ― | ０ | 流通経済大学 | |
| ジェフユナイテッド千葉 | １ | ― | ０ | ＦＣ岐阜 | |
