２回戦の結果（６月１１日開催）
| ヴィッセル神戸 | ４－１ | 高知ユナイテッドＳＣ |
| ヴァンフォーレ甲府 | ２－１ | 福井ユナイテッドＦＣ |
| アルビレックス新潟 | １－０ | 福山シティＦＣ |
| 柏レイソル | ０－２ | 東洋大学 |
| 川崎フロンターレ | ４－３ | 福島ユナイテッドＦＣ |
| ジュビロ磐田 | １－２ | ＳＣ相模原 |
| 横浜Ｆ・マリノス | ０－２ | ラインメール青森 |
| いわきＦＣ | １－２ | ブラウブリッツ秋田 |
| モンテディオ山形 | ２－１ | 鹿児島ユナイテッドＦＣ |
| 鹿島アントラーズ | ４－０ | ザスパ群馬 |
| Ｖ・ファーレン長崎 | ２－１ | 筑波大学 |
| アビスパ福岡 | ２－０ | 沖縄ＳＶ |
| ファジアーノ岡山 | ０－２ | ギラヴァンツ北九州 |
| サンフレッチェ広島 | ３－１ | Brew SAGA |
| 藤枝ＭＹＦＣ | ２－０ | ＦＣバレイン下関 |
| 湘南ベルマーレ | ２－０ | ＦＣ岐阜 |
| 清水エスパルス | ４－２ | 松本山雅ＦＣ |
| セレッソ大阪 | ５－０ | アルテリーヴォ和歌山 |
| 徳島ヴォルティス | ２－１ | レノファ山口ＦＣ |
| ＦＣ町田ゼルビア | ２－１ | 京都産業大学 |
| ベガルタ仙台 | ０－１ | カターレ富山 |
| 京都サンガＦ.Ｃ. | １－０ | 奈良クラブ |
| 東京ヴェルディ | ３－１ | 栃木ＳＣ |
| サガン鳥栖 | １－０ | 愛媛ＦＣ |
| 名古屋グランパス | ３－０ | ヴェロスクロノス都農 |
| ジェフユナイテッド千葉 | １－１（ＰＫ：4－5） | ロアッソ熊本 |
