３回戦の結果（７月１０日開催）
| ヴィッセル神戸 | ２－０ | 徳島ヴォルティス |
| 柏レイソル | ２－１ | 筑波大学 |
| セレッソ大阪 | １－２ | ヴァンフォーレ甲府 |
| アルビレックス新潟 | １－６ | Ｖ・ファーレン長崎 |
| 鹿島アントラーズ | ２－１ | 藤枝ＭＹＦＣ |
| サガン鳥栖 | ３－１ | 横浜ＦＣ |
| JAPANサッカーカレッジ | 試合延期（雷雨） | レノファ山口ＦＣ |
| 京都サンガＦ.Ｃ. | ３－１ | 清水エスパルス |
| 横浜Ｆ･マリノス | ２－２ （ＰＫ：５－４） | 水戸ホーリーホック |
| ガンバ大阪 | ２－１ | テゲバジャーロ宮崎 |
| 川崎フロンターレ | １－３ | 大分トリニータ |
| ＦＣ東京 | １－２ | ジェフユナイテッド千葉 |
| サンフレッチェ広島 | ４－０ | いわきＦＣ |
| 湘南ベルマーレ | １－０ | 東京ヴェルディ |
| アビスパ福岡 | ０－２ | 愛媛ＦＣ |
| 北海道コンサドーレ札幌 | ６－３ | モンテディオ山形 |
