３回戦の結果（７月１２日開催）
| 横浜Ｆ・マリノス | １－４ | ＦＣ町田ゼルビア |
| 名古屋グランパス | １－１（ＰＫ：５－４） | ベガルタ仙台 |
| 浦和レッズ | １－０ | モンテディオ山形 |
| 鹿島アントラーズ | １－１（ＰＫ：１０－１１） | ヴァンフォーレ甲府 |
| ヴィッセル神戸 | ５－２ | ジュビロ磐田 |
| セレッソ大阪 | ３－１ | 大宮アルディージャ |
| 湘南ベルマーレ | ２－０ | ファジアーノ岡山 |
| 川崎フロンターレ | ２－１ | 水戸ホーリーホック |
| 高知ユナイテッドＳＣ | １－０ | 横浜ＦＣ |
| 柏レイソル | ２－０ | 徳島ヴォルティス |
| 北海道コンサドーレ札幌 | ５－２ | ヴェルスパ大分 |
| サンフレッチェ広島 | ０－２ | 栃木ＳＣ |
| アビスパ福岡 | ２－１ | ＦＣ岐阜 |
| ＦＣ東京 | １－１（ＰＫ：９－８） | 東京ヴェルディ |
| サガン鳥栖 | ３－４ | ロアッソ熊本 |
