２回戦の結果（６月７日開催）
| 横浜Ｆ・マリノス | ２－０ | ブリオベッカ浦安 |
| ツエーゲン金沢 | ２－３ | ＦＣ町田ゼルビア |
| 京都サンガＦ.Ｃ. | ２－2 （ＰＫ：９－１０） | カターレ富山 |
| アルビレックス新潟 | １－０ | レイラック滋賀 |
| 名古屋グランパス | ３－2 | ヴィアティン三重 |
| ベガルタ仙台 | １－０ | 藤枝ＭＹＦＣ |
| 浦和レッズ | １－０ | 関西大学 |
| モンテディオ山形 | １－０ | ソニー仙台FC |
| 鹿島アントラーズ | ３－０ | Ｈｏｎｄａ ＦＣ |
| Ｖ・ファーレン長崎 | ０－１ | ヴァンフォーレ甲府 |
| ジュビロ磐田 | ２－０ | カマタマーレ讃岐 |
| セレッソ大阪 | ５－０ | Cento Cuore HARIMA |
| ジェフユナイテッド千葉 | ０－１ | 大宮アルディージャ |
| 湘南ベルマーレ | ６－１ | ＢＴＯＰ北海道 |
| ファジアーノ岡山 | ２－１ | ギラヴァンツ北九州 |
| 川崎フロンターレ | ３－１ | 栃木シティＦＣ |
| 水戸ホーリーホック | １－０ | レノファ山口ＦＣ |
| ガンバ大阪 | １－２ | 高知ユナイテッドＳＣ |
| 柏レイソル | ７－１ | 山梨学院大学PEGASUS |
| 徳島ヴォルティス | ２－１ | いわきＦＣ |
| 北海道コンサドーレ札幌 | ３－０ | ＳＣ相模原 |
| 大分トリニータ | ０－１ | ヴェルスパ大分 |
| サンフレッチェ広島 | ５－０ | ＦＣ徳島 |
| ブラウブリッツ秋田 | １－２ | 栃木ＳＣ |
| アビスパ福岡 | ２－０ | ＦＣ今治 |
| 清水エスパルス | １－２ | ＦＣ岐阜 |
| ＦＣ東京 | ３－１ | 福島ユナイテッドＦＣ |
| 東京ヴェルディ | ２－１ | ザスパクサツ群馬 |
| サガン鳥栖 | ５－１ | テゲバジャーロ宮崎 |
