３回戦の結果（７月７日開催）
| 清水エスパルス | ２－１ | いわてグルージャ盛岡 |
| おこしやす京都ＡＣ | １－３ | ヴェルスパ大分 |
| Ｈｏｎｄａ ＦＣ | １－４ | ジュビロ磐田 |
| サガン鳥栖 | １－０ | アビスパ福岡 |
| 鹿島アントラーズ | ３－０ | 栃木ＳＣ |
| 北海道コンサドーレ札幌 | １－２ | Ｖ・ファーレン長崎 |
| ヴァンラーレ八戸 | １－２ | 湘南ベルマーレ |
| 柏レイソル | １－２ | 京都サンガF.C. |
| 浦和レッズ | １－０ | ＳＣ相模原 |
| ヴィッセル神戸 | １－０ | 徳島ヴォルティス |
| 順天堂大学 | ２－３ | ザスパクサツ群馬 |
| 大分トリニータ | ２－０ | 福井ユナイテッドＦＣ |
