３回戦の結果（８月２０日開催）
| ガンバ大阪 | １ | ― | ０ | 徳島ヴォルティス |
| ＦＣ東京 | ２ | ― | ０ | 松本山雅ＦＣ |
| 清水エスパルス | ２ | ― | １ | コンサドーレ札幌 |
| セレッソ大阪 | １ | ― | ０ | カターレ富山 |
| 奈良クラブ | ０ | ― | ５ | ジュビロ磐田 |
| ソニー仙台ＦＣ | ０ | ― | １ | モンテディオ山形 |
| サガン鳥栖 | ３ | ― | １ | 大分トリニータ |
| 横浜Ｆ・マリノス | ２ | ― | ３ | ギラヴァンツ北九州 |
| ヴァンフォーレ甲府 | ２ | ― | １ | 関西学院大学 |
| アルビレックス新潟 | １ | ― | ２ | Ｖ・ファーレン長崎 |
| 柏レイソル | １ （１１ | ― ＰＫ | １ １２） | ジェフユナイテッド千葉 |
| 川崎フロンターレ | ０ | ― | １ | 愛媛ＦＣ |
| 大宮アルディージャ | ２ | ― | １ | 湘南ベルマーレ |
| 浦和レッズ | １ | ― | ２ | ザスパクサツ群馬 |
| 名古屋グランパス | ４ | ― | ０ | 京都サンガF．C． |
