３回戦の結果（７月１２日開催）
| 鹿島アントラーズ | ５－０ | モンテディオ山形 | |
| いわきＦＣ | ０－２ | 清水エスパルス | |
| 柏レイソル | ２－０ | 大分トリニータ | |
| ＡＣ長野パルセイロ | １－０ | ファジアーノ岡山 | |
| ガンバ大阪 | ２－０ | ジェフユナイテッド千葉 | |
| ジュビロ磐田 | ４－１ | 湘南ベルマーレ | |
| 大宮アルディージャ | ３－２ | 愛媛ＦＣ | |
| 筑波大学 | ２－１ | アビスパ福岡 | |
| 浦和レッズ | １－０ | ロアッソ熊本 | |
| アルビレックス新潟 | ２－３ | セレッソ大阪 | |
| ヴィッセル神戸 | ３－１ | ツエーゲン金沢 | |
| 横浜Ｆ・マリノス | ４－２ | アスルクラロ沼津 | |
| 川崎フロンターレ | ４－０ | ザスパクサツ群馬 | |
| ヴァンラーレ八戸 | ０－１ | 名古屋グランパス | (雷雨のため後半途中に試合中断後、試合中止) |
| サンフレッチェ広島 | ２－１ | ＦＣ岐阜 | |
| サガン鳥栖 | １－２ | 松本山雅ＦＣ |
