２回戦の結果（８月２６日開催）
| 鹿島アントラーズ | ３－０ | アトレチコ鈴鹿 |
| 北海道コンサドーレ札幌 | １－３ | ヴァンフォーレ甲府 |
| 名古屋グランパス | １－３ | ガイナーレ鳥取 |
| 東京ヴェルディ | ４－１ | ザスパ群馬 |
| 川崎フロンターレ | ３－１ | 栃木ＳＣ |
| ジュビロ磐田 | ０－１ | テゲバジャーロ宮崎 |
| ガンバ大阪 | ２－０ | レイラック滋賀ＦＣ |
| 徳島ヴォルティス | ３－０ | ＦＣ徳島 |
| サンフレッチェ広島 | ４－１ | 沖縄ＳＶ |
| いわきＦＣ | ２－０ | 大分トリニータ |
| ファジアーノ岡山 | ３－０ | ベルガロッソいわみ |
| ジェフユナイテッド千葉 | １－１（ＰＫ：８－７） | アスルクラロ沼津 |
| ヴィッセル神戸 | ２－１ | ヴェロスクロノス都農 |
| サガン鳥栖 | ４－０ | カターレ富山 |
| アビスパ福岡 | ０－０（ＰＫ：５－４） | ヴェルスパ大分 |
| 横浜ＦＣ | ３－１ | クリアソン新宿 |
| 柏レイソル | ２－１ | 専修大学 |
| ＦＣ今治 | ４－１ | ブラウブリッツ秋田 |
| 横浜Ｆ・マリノス | １－０ | 福島ユナイテッドＦＣ |
| 水戸ホーリーホック | ０－２ | 京都産業大学 |
| 浦和レッズ | ３－０ | 山梨学院大学 |
| ＲＢ大宮アルディージャ | ２－０ | ヴァンラーレ八戸 |
| セレッソ大阪 | ３－１ | ＦＣ岐阜 |
| アルビレックス新潟 | ０－４ | 鹿児島ユナイテッドＦＣ |
| 京都サンガＦ.Ｃ. | １－０ | ＦＣマルヤス岡崎 |
| モンテディオ山形 | ３－５ | 藤枝ＭＹＦＣ |
| 清水エスパルス | ２－１ | ＦＣ大阪 |
| Ｖ・ファーレン長崎 | ３－２ | 愛媛ＦＣ |
| ＦＣ町田ゼルビア | ３－０ | いわてグルージャ盛岡 |
| ベガルタ仙台 | １－２ | 栃木シティ |
| ＦＣ東京 | ６－０ | ＡＣ長野パルセイロ |
| 湘南ベルマーレ | １－０ | ラインメール青森 |
