３回戦の結果（７月１6日開催）
| ヴィッセル神戸 | ２－１ | ヴァンフォーレ甲府 |
| アルビレックス新潟 | １－２ | 東洋大学 |
| 川崎フロンターレ | ０－０（ＰＫ：１－３) | ＳＣ相模原 |
| ラインメール青森 | １－２ | ブラウブリッツ秋田 |
| ガンバ大阪 | ４－４（ＰＫ：３－４) | モンテディオ山形 |
| 鹿島アントラーズ | ２－１ | Ｖ・ファーレン長崎 |
| アビスパ福岡 | ０－０（ＰＫ：４－２) | ギラヴァンツ北九州 |
| サンフレッチェ広島 | ５－２ | 藤枝ＭＹＦＣ |
| 湘南ベルマーレ | ０－１ | 清水エスパルス |
| ＦＣ東京 | ２－０ | 大分トリニータ |
| セレッソ大阪 | ２－０ | 徳島ヴォルティス |
| ＦＣ町田ゼルビア | ２－１ | カターレ富山 |
| 京都サンガＦ.Ｃ. | ３－３ （ＰＫ：４－３) | 横浜ＦＣ |
| 東京ヴェルディ | １－０ | サガン鳥栖 |
| 名古屋グランパス | ２－１ | ロアッソ熊本 |
