３回戦の結果（６月２２日開催）
| 川崎フロンターレ | ０－１ | 東京ヴェルディ |
| 湘南ベルマーレ | ０－１ | ジュビロ磐田 |
| アビスパ福岡 | ３－１ | いわてグルージャ盛岡 |
| ＦＣ東京 | ２－３ | V・ファーレン長崎 |
| 鹿島アントラーズ | ３－０ | 大宮アルディージャ |
| ガンバ大阪 | ３－１ | 大分トリニータ |
| 名古屋グランパス | １－０ | ツエーゲン金沢 |
| セレッソ大阪 | ３－２ | ベガルタ仙台 |
| 横浜Ｆ・マリノス | ０－２ | 栃木ＳＣ |
| 清水エスパルス | ０－１ | 京都サンガＦ.Ｃ. |
| サガン鳥栖 | ３－２ | ロアッソ熊本 |
| 北海道コンサドーレ札幌 | １－２ | ヴァンフォーレ甲府 |
| ヴィッセル神戸 | ２－１ | レノファ山口ＦＣ |
| 柏レイソル | ２－１ | 徳島ヴォルティス |
| 浦和レッズ | ０－１ | ザスパクサツ群馬 |
| サンフレッチェ広島 | ５－０ | 横浜ＦＣ |
