２回戦の結果（９月２３日開催）
| 富士大学 | ３－２ | ソニー仙台ＦＣ |
| いわきＦＣ | ０－３ | ラインメール青森 |
| 筑波大学 | ４－３ | 桐蔭横浜大学 |
| ＶＯＮＤＳ市原ＦＣ | ２－３ | 東京武蔵野シティＦＣ |
| 新潟医療福祉大学 | ３－０ | アルティスタ浅間 |
| 福井ユナイテッドＦＣ | ２－１ | 富山新庄クラブ |
| ＨｏｎｄａＦＣ | ２－１ | 常葉大学 |
| 長良クラブ | ０－４ | ＦＣマルヤス岡崎 |
| アルテリーヴォ和歌山 | １－０ | ＭＩＯびわこ滋賀 |
| FC TIAMO枚方 | １－０ | 奈良クラブ |
| 三菱水島ＦＣ | １－０ | 松江シティＦＣ |
| 高知ユナイテッドＳＣ | ２－１ | 高松大学 |
| ＦＣ徳島 | ５－０ | 松山大学 |
| 福岡大学 | １－４ | 鹿屋体育大学 |
| ＭＤ長崎 | ０－２ | ヴェルスパ大分 |
